Les problèmes juridiques des minorités européennes au Maghreb, CNRS, Paris, 1968 ; Les problèmes agraires au Maghreb, Bruno Étienne (dir.), CNRS, Paris 1975 ; Algérie, cultures et révolution, Le Seuil, Paris, 1976 ; L’islamisme radical, Hachette (traduit en italien et espagnol), Paris, 1987 ; La France et l’islam, Hachette, Paris, 1989 ; L’islam en France, Bruno Étienne (dir.), CNRS, Paris, 1990 ; Ils ont rasé la Mésopotamie : du droit de coloniser au devoir d’ingérence, Eshel, Paris, 1992 ; Etre bouddhiste en France aujourd’hui, en collaboration avec Raphaël Liogier, Hachette, Paris, 1997, Edition augmentée, Hachette pluriel, Paris, 2004 ; L’Emir Abdelkader, isthme des isthmes, Hachette, Paris, 1984. Réédité en 1998 puis édition de poche en 2003. Prix du festival de Bourges. Traduit en arabe (Damas/Beyrouth et édition pirate à Alger) ; La science politique est-elle une science ?, en collaboration avec Béatrice Mabilon-Bonfils, Flammarion, Paris, 1998. Traduit en japonais et en portugais ; Le temps du pluriel : la France dans l’Europe multiculturelle, en collaboration avec Robert Lafont et Henri Giordan, Editions de l’Aube, La Tour d’Aigues, 1999 ; Algérie, 1830-1962, Maisonneuve et La rose, Paris, 1999. Documents présentés et commentés tirés de la Revue des deux mondes; Une grenade entr’ouverte, essai d’anthropologie complémentariste, Editions de l’Aube, La Tour d’Aigues, 1999, réédité en 2016 ; Une voie pour l’Occident, la franc‐maçonnerie à venir, Dervy, Paris, 2001 ; Les amants de l’Apocalypse, pour comprendre le 11 septembre, Editions de l’Aube, La Tour d’Aigues, 2002 ; L’initiation, mythe, rite et symboles, Dervy, Paris, 2002 ; La France face aux sectes, Hachette, Paris, 2002 ; La fabrique des regards, (2002) la ¨Pensée de midi, 2002/3, n° 9 ; Islam : les questions qui fâchent, Bayard, Paris, 2003 ; La voie de la main nue, traduction commentée du japonais avec Susuki Masaaki, Dervy, Paris, 2004 ; Abd el-Kader le magnanime, en collaboration avec François Pouillon, Découvertes-Gallimard, Paris, 2003, réédité 2007 ; Heureux comme Dieu en France ? La République face au pluralisme religieux, Bayard, Paris, 2004 ; Les combattants suicidaires, Editions de l’Aube, La Tour d’Aigues, 2005 ; Anthropo-illogiques I, La spiritualité maçonnique, Dervy, Paris, 2007 ; Anthropo-illogiques II, Le retour du voyage en Orient : Les tribulations d’un anthropologue désorienté et d’un japonais westernizé, en collaboration avec Masaaki Susuki, Entrelacs, Paris, 2007 ; Les constitutions d’Anderson, documents commentés, Editions de l’Aube, La Tour d’Aigues, 2007 ; Construire le Temple aujourd’hui, en collaboration avec Julien Behaeghel, François Figeac, Jacques Fontaine et Irène Mainguy, Paris, Maison de vie, 2008 ; Abd el Kader et la franc-maçonnerie suivi de Soufisme et franc-maçonnerie, Dervy, Paris, 2008 ; Anthropo-illogiques III : de la Trinité, Odile Jacob ; Les 15 sujets qui fâchent les francs-maçons, en collaboration avec Jean Solis, Clamecy, Editions La Hutte, Coll. Essais, 2008.